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　　轉基因作物對環(huán)境、生態(tài)、人類等的影響是極其復雜的，由于無法預測將基因轉入一個新的遺傳背景中會產(chǎn)生什么樣的作用，轉基因作物及其產(chǎn)品的安全性問題一直處于爭論狀態(tài)。 
　　凡是允許在中國銷售的轉基因食品，都要通過國家農(nóng)業(yè)部轉基因辦公室、專家委員會和相關檢驗機構的嚴格評審、檢測，已經(jīng)通過安全性評價的轉基因食品，由國家農(nóng)業(yè)部頒發(fā)安全合格證書后，方能投入進行食品加工。 
　　我們吃的任何東西都是由成千上萬基因組成，傳統(tǒng)品種改良通過雜交，實際也是基因的交換。雜交是在染色體水平上的基因交換，而基因技術是定向改造生物，跟雜交育種沒有本質(zhì)區(qū)別，但是效率更高了。 
　　但轉基因作物確有可能造成原有的生態(tài)平衡破壞，改變物種間的競爭關系和生物多樣性等，這已經(jīng)在其它國家如澳大利亞等發(fā)生了。轉基因作物作為外來品種進入自然生態(tài)系統(tǒng)，往往具有較強的“選擇優(yōu)勢”，可能會影響植物基因庫的遺傳結構，淘汰原來棲息地上的物種及其它遺傳資源，致使物種呈單一化趨勢，造成生物數(shù)量劇減，甚至會使原有物種滅絕，導致生物多樣性的喪失。 
　　而轉基因食品可能導致的過敏反應、人和動物對抗生素的抗藥性、毒性等問題，目前都只是少數(shù)短期動物實驗結論，并且某些實驗的嚴密性也遭到質(zhì)疑。目前還沒有發(fā)現(xiàn)轉基因食品不利于人體健康的實質(zhì)性證據(jù)，也沒有出現(xiàn)因此引發(fā)的食品安全糾紛。 
　　目前，轉基因作物的生態(tài)安全及其相關食品的消費安全問題，在科學上暫時難以給出定論。為了防止轉基因作物對環(huán)境和人體造成的不良影響，許多國家先后建立了符合本國實際的生物安全管理政策和評價體系。新技術是發(fā)展趨勢，但人對新技術的應用方式造成的社會及經(jīng)濟問題比技術本身對人類的影響更大。轉基因作物同樣如此，目前，轉基因作物帶來的經(jīng)濟問題、甚至國民經(jīng)濟命脈掌控權問題等比其本身對人體的影響更為嚴峻。